Fin de l’exonération de taxe d’apprentissage pour les mutuelles : une entrée en vigueur confirmée au 1er mars 2025
La loi de finances pour 2025 a mis fin à l’exonération dont bénéficiaient les mutuelles en matière de taxe d’apprentissage. Si le texte initial ne précisait pas la date d’entrée en vigueur, une mise à jour du Bulletin officiel de la sécurité sociale (BOSS), en date du 12 mars 2025, est venue apporter la clarification attendue : les nouvelles règles s’appliquent à compter du 1er mars 2025.
Une exonération supprimée pour les mutuelles

Jusqu’à présent, certaines mutuelles régies par les livres Ier et III du Code de la mutualité échappaient totalement à la taxe d’apprentissage. Cette exonération est désormais supprimée. Depuis le 1er mars 2025, ces structures sont soumises au droit commun en matière d’assujettissement, c’est-à-dire aux mêmes règles que les autres employeurs.
La réforme ne remet cependant pas en cause l’exonération applicable aux rémunérations versées aux apprentis. Pour ces dernières, les règles spécifiques continuent de s’appliquer, quelle que soit la taille de la mutuelle. Pour rappel, seuls les employeurs de moins de 11 salariés sont exonérés de taxe d’apprentissage sur les rémunérations des apprentis.
Une date d’entrée en vigueur précisée par l’administration
En l’absence de mention explicite dans la loi, la mesure aurait dû entrer en vigueur dès le lendemain de la publication du texte au Journal officiel, soit le 15 février 2025. Toutefois, afin de ne pas compliquer les traitements paie en cours de mois, l’administration a opté pour une mise en application à partir du 1er mars 2025. Cette décision, confirmée par le BOSS, vise à simplifier les démarches des employeurs concernés.
Une déclaration à effectuer dès la DSN de mars 2025
Les mutuelles devront appliquer les nouvelles règles dès l’établissement de la Déclaration Sociale Nominative (DSN) relative à la période de mars 2025. Pour mémoire, la part principale de la taxe d’apprentissage est désormais déclarée chaque mois en DSN depuis le 1er janvier 2022. L’Urssaf en assure le recouvrement, avant de reverser les sommes à France Compétences, qui les affecte ensuite aux opérateurs de compétences (OPCO).
Certaines dépenses engagées directement par l’entreprise en faveur de la formation peuvent toutefois venir en déduction de cette part principale. Il s’agit notamment des financements apportés aux CFA d’entreprise ou à des dispositifs favorisant le développement de l’apprentissage.
Le solde de la taxe déclaré en avril 2026
Outre la part principale, les entreprises doivent également s’acquitter du solde de la taxe d’apprentissage. Ce solde est déclaré une fois par an via la DSN d’avril de l’année suivant celle au titre de laquelle la taxe est due. Les mutuelles nouvellement assujetties devront ainsi réaliser leur première déclaration de solde en avril 2026. Là encore, certaines dépenses en lien avec la formation peuvent être déduites du montant dû.
Des exonérations et contributions spécifiques selon l’effectif
La réforme prévoit plusieurs cas particuliers, en fonction notamment de la taille de l’entreprise et de la présence d’apprentis. Lorsqu’une mutuelle emploie au moins un apprenti et que la masse salariale soumise à cotisations reste inférieure à six fois le montant du SMIC, elle peut bénéficier d’une exonération de taxe d’apprentissage pour le mois suivant. Ces deux conditions doivent être réunies simultanément. L’exonération est à déclarer en DSN à l’aide d’un code spécifique.
Par ailleurs, les entreprises d’au moins 250 salariés sont également concernées par la contribution supplémentaire à l’apprentissage (CSA). Celle-ci est due si l’employeur ne respecte pas un quota minimal d’alternants, destiné à encourager le recrutement en contrat d’apprentissage ou de professionnalisation.
Une réforme qui impose une vigilance accrue aux mutuelles
La suppression de l’exonération marque un changement significatif pour les mutuelles, jusqu’alors exclues du champ de la taxe d’apprentissage. Dès le mois de mars 2025, elles devront intégrer cette nouvelle obligation dans leurs processus de paie et de déclaration. Il est recommandé d’anticiper ces ajustements et de vérifier les critères d’exonération ou de contribution supplémentaire en fonction de la situation de l’entreprise.
Ce changement s’inscrit dans une volonté plus large de rationalisation des exonérations et d’harmonisation des régimes entre les différentes catégories d’employeurs.